Les éleveuses et éleveurs sont confrontés au quotidien à des épidémies animales qui pourraient s’étendre à nouveau avec le retour du printemps. La France est placée en risque élevé de grippe aviaire depuis octobre dernier. Des exploitations agricoles, actuellement confrontées à la tuberculose bovine doivent recourir à l’abattage total de leur troupeau, notamment en Côte-d’Or, dans le Calvados et l’Orne.
Quelques foyers de maladie hémorragique épizootique subsistent dans la Sarthe. Cette maladie infectieuse due à un virus est transmise exclusivement par des moucherons, les mêmes que ceux de la fièvre catarrhale ovine. Si la France est, pour l’heure, indemne de peste porcine africaine, les cas se multiplient dans les pays voisins, en Italie, en Allemagne, ou en Espagne. Nombre d’éleveuses et d’éleveurs redoutent également le retour de la dermatose nodulaire contagieuse en France continentale.
Pour comprendre l’accélération des épidémies animales, dont une partie se transmettent aux humains, et identifier les pistes pour les prévenir, Hélène Soubelet, docteure vétérinaire et directrice générale de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité, nous a accordé un entretien, alors que la France accueille à Lyon le One Healh Summit, censé se pencher sur « les santés des humains, des animaux et des écosystèmes » qui « sont interdépendantes ». Ce sommet, qui rassemble États, acteurs publics ou privés, scientifiques et société civile, « vise à mieux coordonner les politiques publiques pour répondre aux enjeux sanitaires, alimentaires et environnementaux ».
Basta! : Est-ce que la multiplication des maladies animales vous surprend ?
Hélène Soubelet : De nombreuses études constatent une augmentation des maladies, notamment infectieuses, dans la majorité des espèces – animaux domestiques et chez les humains. Plusieurs phénomènes se juxtaposent.
D’abord le phénomène de l’émergence des maladies. Un pathogène – présent soit dans l’environnement soit dans une espèce animale – va se transmettre à un individu d’une autre espèce. Si c’est entre deux espèces sauvages, ça passe inaperçu. En revanche, si c’est transmis à l’humain ou à une espèce domestique, ça va se voir. Or, il y a de moins en moins d’animaux sauvages et de plus en plus d’humains, donc les maladies sont plus visibles.
Pour que la maladie devienne une épidémie, il faut qu’il y ait transmission du virus, du champignon, ou de la bactérie, entre des individus de l’espèce atteinte, entre bovins par exemple. Les maladies infectieuses humaines sont pour 70 % des zoonoses, c’est-à-dire des maladies transmises de l’animal à l’homme.
La troisième phase, c’est la pandémie. Quand l’épidémie locale touche d’autres régions dans le monde. Nos modes de vie hyperconnectés, via les déplacements d’humains, d’animaux sauvages ou de produits animaux ou végétaux, favorisent les pandémies.
Qu’est-ce qui explique l’accélération de ces épidémies ces dernières années ?
Un des facteurs explicatifs importants est la dégradation de l’environnement, qui favorise les contacts entre espèces et défavorise les phénomènes de régulation des maladies. On bouleverse tellement notre environnement qu’on augmente le risque de rompre les équilibres des écosystèmes. La déforestation est très connue pour bouleverser les équilibres des pathosystèmes, c’est-à-dire les relations entre l’hôte, le pathogène et éventuellement des espèces non-cibles. Elle favorise, par exemple, et en fonction des contextes, les émergences de cas de paludismes ou de maladie de Lyme.
Les maladies augmentent aussi parce que les humains et leurs animaux domestiques sont présents dans tous les milieux, y compris les moins explorés, comme les forêts tropicales, les montagnes, les zones humides, les déserts. Soit on transporte nos propres virus dans un milieu sauvage, ce qui peut entraîner des mortalités animales, soit on se contamine avec des virus et des bactéries présents dans l’environnement, ce qui peut générer des mortalités humaines – par exemple Ebola – ou animales – la peste porcine africaine.
Pourquoi les élevages sont-ils particulièrement touchés ?
L’élevage joue un rôle déterminant dans les dynamiques épidémiologiques d’émergence de nouvelles maladies. La domestication a transformé des espèces sauvages en espèces avec des caractéristiques et des modalités de vie qui sont parfois très éloignées de leurs conditions naturelles. Ça les rend vulnérables, plus sensibles. Elles développent moins de défenses immunitaires, moins de capacité à se protéger.
Sur le plan génétique, les animaux actuels sont issus de lignées relativement homogènes. Les conduites d’élevage ont aussi tendance à être identiques. Un virus ou une bactérie adapté à une génétique ou à un type d’élevage va pouvoir se propager rapidement d’élevage en élevage : il va être dans des conditions connues pour lui. La phase de contamination est donc beaucoup plus rapide. Les élevages sont des amplificateurs d’un certain nombre de pathogènes, dès lors qu’ils arrivent à y pénétrer. C’est pour cela que les mesures de biosécurité sont très importantes en élevage industriel.
Un rapport de 2025 de l’Organisation mondiale de la santé animale cite justement l’intensification des échanges commerciaux comme facteur influençant la propagation et la prévalence des maladies…
Ces échanges vont, en effet, permettre de transmettre plus facilement des pathogènes. Les animaux sont à la fois plus sensibles et mis dans des conditions de vie plus stressantes lorsqu’ils sont transportés par camions ou placés en allotement [regroupement d’animaux provenant de différents élevages en fonction de critères économiques, ndlr].
Le stress, la promiscuité, parfois les mauvais traitements favorisent les infections : si un pathogène circule, les animaux vont plus facilement l’attraper, le développer et le transmettre. Le système alimentaire mondialisé a augmenté la vulnérabilité des animaux face à ces divers pathogènes.
Quel est le rôle du changement climatique ?
Le changement climatique modifie lui aussi les équilibres. Il peut notamment favoriser certains vecteurs, comme les insectes, qui peuvent transmettre des bactéries ou des virus. Ces vecteurs peuvent bouger, coloniser d’autres régions et apporter avec eux leurs pathogènes. Il y a là un risque que ces pathogènes s’adaptent à leur nouvel environnement.
Y a-t-il un facteur qui joue un rôle plus important dans l’accélération des épidémies animales ?
C’est la combinaison de tous les facteurs évoqués qui accélère les émergences et les rend plus probables : dégradation de l’environnement, élevages intensifs, animaux génétiquement identiques, sans accès à l’herbe et confinés en bâtiment... Si l’on ne travaille pas sur les facteurs d’émergence, les maladies vont se propager – y compris chez les humains.
Qu’en est-il des travaux pour augmenter l’immunité globale des élevages ?
Augmenter l’immunité globale de l’élevage pourrait aider à améliorer la lutte contre les maladies. Les vétérinaires y travaillent dans le cadre des infections parasitaires, par exemple. Le niveau d’immunité des animaux peut augmenter lorsqu’on les confronte à des virus, bactéries, champignons ou parasites. Mais il faut accepter qu’il y ait des infections et parfois des mortalités, avant que cette immunité ne se mette parfaitement en place. Et c’est long : cela peut prendre plusieurs générations.
Malheureusement, aujourd’hui, la plupart des systèmes d’élevage ne peuvent pas prendre ce risque et aucun soutien public n’existe pour favoriser ce genre de processus. Dans certains cas, la circulation d’un pathogène peut aussi faire perdre le statut indemne du pays entier, ou d’une région, ce qui nuit aux échanges internationaux...
Sur le long terme, c’est une stratégie intéressante dans un objectif de prévention et de résilience, mais la plupart du temps, le contexte est celui de la crise. Dans ce cas, les autorités se voient contraintes de mettre en place des mesures de gestion pour éteindre la crise tout de suite, en particulier avec le recours à l’abattage total.
Que pensez-vous des mesures d’abattage total ?
En France, les autorités choisissent souvent cette voie car c’est une façon sûre et simple de stopper la progression d’une maladie. Mais évidemment, leur perspective est une perspective nationale, qui peut s’opposer à celle des éleveurs ou éleveuses d’un territoire.
Cette mesure découle d’une décision politique. Car derrière la maladie, en plus de la problématique de gestion de l’élevage lui-même, il y a des problématiques commerciales.
En France, nous pouvons nous permettre l’abattage total, car nous sommes un pays riche, qui peut indemniser les éleveurs et éleveuses. Dans les pays d’Afrique confrontés aux mêmes maladies – tuberculose, fièvre aphteuse, grippe aviaire... – les animaux ne sont pas abattus, car sans aides publiques, ce serait mettre les élevages en trop grande difficulté économique. Par conséquent, ces élevages infectés subissent des mortalités et les mesures sanitaires consistent essentiellement à confiner, éliminer les animaux malades pour éviter la contamination des cheptels et des aliments, en stérilisant ou pasteurisant le lait, par exemple.
Les autorités françaises ont toutefois accepté de mener des expérimentations de biosécurité adaptées dans des élevages de plein air pour trouver des mesures alternatives au confinement des animaux. Est-ce la preuve que les choses bougent ?
Je salue cela car il faut qu’on trouve des modalités pour gérer différemment des épidémies, qui seront en augmentation dans le futur. Je pense aussi que ces modalités vont passer par une transformation de l’agriculture en augmentant l’immunité des animaux, en évitant d’avoir la même race partout dans le monde, en retrouvant une alimentation et des conditions de vie plus naturelles pour les animaux... Arrêter, en France, la course aux rendements, des animaux toujours plus productifs en toujours moins de temps, est un des points clé de la transformation d’un élevage intensif fragile vers un élevage extensif résilient.
Peut-être que la clé serait de regarder dans quelles conditions on peut augmenter le revenu des éleveurs par la transition des systèmes d’élevage pour produire moins mais mieux, en termes de pratiques et de qualité des produits. Certaines recherches qui font le lien entre économie et biodiversité proposent comme mesure d’arrêter de se focaliser sur le seul rendement, qui peut être un indicateur très délétère. Car il est, paradoxalement, rarement corrélé à de meilleurs revenus, une meilleure qualité de vie et une plus grande satisfaction des éleveurs et éleveuses.
Ce changement d’indicateur n’a l’air de rien, mais il est essentiel, car il participerait d’un changement de vision de ce que nous demandons collectivement à nos filières de production : produire plus ou produire mieux ? Nourrir le monde à bas prix ou générer un revenu décent pour les producteurs ? Ces questions sont essentielles, elles poussent à réfléchir collectivement à l’élevage de demain.